Vsebina
- TL; DR (Predolgo; Nisem prebral)
- Opis Ribosomov
- Razširjenost Ribosomov
- Ribosomi so beljakovinske tovarne
- Kdo je odkril ribosome?
- Odkritje zgradbe rib
- Kaj je ribocim?
- Razvrščanje Ribosomov po vrednosti Svedberg
- Pomen strukture Ribosoma
Ribosomi so znani kot beljakovine vseh celic. Proteini nadzorujejo in gradijo življenje.
Zato so ribosomi bistvenega pomena za življenje. Kljub njihovemu odkritju v petdesetih letih je minilo nekaj desetletij, preden so znanstveniki resnično razjasnili strukturo ribosomov.
TL; DR (Predolgo; Nisem prebral)
Ribosome, znane kot beljakovinske tovarne vseh celic, je prvič odkril George E. Palade. Vendar so strukturo ribosomov desetletja pozneje določili Ada E. Yonath, Thomas A. Steitz in Venkatraman Ramakrishnan.
Opis Ribosomov
Ribosomi dobijo ime po "ribo" ribonukleinske kisline (RNA) in "soma", kar je latinsko za "telo".
Znanstveniki definirajo ribosome kot strukturo, ki jo najdemo v celicah, eno od več manjših celičnih podskupin organele. Ribosomi imajo dve podenoti, eno veliko in eno majhno. Nukleolus tvori te podenote, ki se med seboj zaklenejo. Ribosomalna RNA in beljakovine (riboproteini) sestavljajo ribosom.
Nekateri ribosomi plavajo med citoplazmo celice, drugi pa se pritrdijo na endoplazemski retikulum (ER). Imenuje se endoplazemski retikulum z ribosomi grobi endoplazemski retikulum (RER); the gladek endoplazemski retikulum (SER) nima priloženih ribosomov.
Razširjenost Ribosomov
V odvisnosti od organizma ima lahko celica več tisoč ali celo milijonov ribosomov. Ribosomi obstajajo tako v prokariotskih kot v evkariontskih celicah. Najdemo jih lahko tudi v bakterijah, mitohondrijih in kloroplastih. Ribosomi so bolj razširjeni v celicah, ki potrebujejo stalno sintezo beljakovin, kot so celice možganov ali trebušne slinavke.
Nekateri ribosomi so lahko precej masivni. V evkariontih imajo lahko 80 beljakovin in so sestavljeni iz več milijonov atomov. Njihov del RNA zavzame večjo maso kot njihov delež beljakovin.
Ribosomi so beljakovinske tovarne
Ribosomi vzamejo kodoni, ki so serija treh nukleotidov iz messenger RNA (mRNA). Kodon služi kot predloga iz celice DNK, da nastane določen protein. Ribosomi nato prevedejo kodone in jih primerjajo z aminokislino iz prenos RNA (tRNA). To je znano kot prevod.
Ribosom ima tri mesta za vezavo tRNA: an aminoacil vezno mesto (spletno mesto) za pritrditev aminokislin, a peptidil spletnega mesta (P spletnega mesta) in an izhod spletna stran (spletna stran E).
Po tem postopku prevedena aminokislina temelji na verigi beljakovin, imenovani a polipeptid, dokler ribosomi ne dokončajo dela pridobivanja beljakovin. Ko se polipeptid sprosti v citoplazmo, postane funkcionalen protein. Zaradi tega procesa so ribosomi pogosto opredeljeni kot beljakovinske tovarne. Tri stopnje proizvodnje beljakovin imenujemo iniciacija, raztezanje in prevajanje.
Ti strojoma ribosomi delujejo hitro, v nekaterih primerih skupaj z 200 aminokislinami na minuto; prokarioti lahko dodajo 20 aminokislin na sekundo. Zapletene beljakovine potrebujejo nekaj ur, da se sestavijo. Ribosomi tvorijo večino od približno 10 milijard beljakovin v celicah sesalcev.
Dokončane beljakovine lahko posledično spremenijo ali se zložijo; to se imenuje posttralacijska sprememba. V evkariontih je Golgijev aparat dopolni beljakovine, preden se sprostijo. Ko ribosomi končajo svoje delo, se njihove podenote reciklirajo ali razstavijo.
Kdo je odkril ribosome?
George E. Palade je prvič odkril ribosome leta 1955. Opis Paladeovega ribosoma jih je predstavil kot citoplazmatske delce, ki so povezani z membrano endoplazemskega retikuluma. Palade in drugi raziskovalci so ugotovili funkcijo ribosomov, ki je bila sinteza beljakovin.
Francis Crick bo nadaljeval oblikovanje osrednja dogma biologije, ki je proces gradnje življenja povzel kot "DNK naredi RNA beljakovine."
Medtem ko je bila splošna oblika določena s pomočjo elektronskih mikroskopskih slik, bi trajalo še nekaj desetletij, da bi ugotovili dejansko strukturo ribosomov. To je bilo v veliki meri posledica sorazmerno velike velikosti ribosomov, ki so zavirale analizo njihove strukture v kristalni obliki.
Odkritje zgradbe rib
Medtem ko je Palade odkril ribosom, so drugi znanstveniki določili njegovo strukturo. Trije ločeni znanstveniki so odkrili strukturo ribosomov: Ada E. Yonath, Venkatraman Ramakrishnan in Thomas A. Steitz. Ti trije znanstveniki so bili leta 2009 nagrajeni z Nobelovo nagrado za kemijo.
Odkritje tridimenzionalne strukture ribosomov se je zgodilo leta 2000. Yonath, rojen leta 1939, je odprl vrata za to razodetje. Njeno začetno delo na tem projektu se je začelo v osemdesetih letih. Zaradi močne narave v surovem okolju je uporabila mikrobe iz vročih vrelcev, da je izolirala njihove ribosome. Ribosome je lahko kristalizirala, tako da jih je bilo mogoče analizirati z rentgensko kristalografijo.
To je ustvarilo vzorec pik na detektorju, tako da je bilo mogoče zaznati položaje ribosomalnih atomov. Yonath je sčasoma ustvaril visokokakovostne kristale z uporabo kriokristalografije, kar pomeni, da so bili ribosomalni kristali zamrznjeni, da se preprečijo, da bi se razpadli.
Znanstveniki so nato poskušali razjasniti "fazni kot" za vzorce pik. Ko se je tehnologija izboljševala, so izboljšave postopka privedle do podrobnosti na ravni z enim atomom. Steitz, rojen leta 1940, je lahko ugotovil, v katere reakcijske korake gre za katere atome, na povezavah aminokislin. Podatke o fazah za večjo enoto ribosoma je našel leta 1998.
Ramakrishan, rojen leta 1952, je deloval pri reševanju faze rentgenske difrakcije za dober molekularni zemljevid. Našel je fazne podatke za manjšo podenoto ribosoma.
Danes so nadaljnji napredki popolne kristalografije ribosoma privedli do boljše ločljivosti kompleksnih struktur ribosoma. Leta 2010 so znanstveniki uspešno kristalizirali evkariontske 80S ribosome Saccharomyces cerevisiae in so lahko preslikali njegovo rentgensko strukturo ("80S" je vrsta kategorizacije, imenovane Svedbergova vrednost; več o tem v kratkem). To je posledično vodilo do več informacij o sintezi in uravnavanju beljakovin.
Ribosomi manjših organizmov so se doslej izkazali za najlažje delo pri določanju strukture ribosomov. To je zato, ker so sami ribosomi manjši in manj zapleteni. Potrebnih je več raziskav, ki bodo pomagale določiti strukture ribosomov višjih organizmov, kakršne so ljudje. Tudi znanstveniki upajo, da bodo izvedeli več o ribosomalni strukturi patogenov, da bi pomagali v boju proti bolezni.
Kaj je ribocim?
Izraz ribozim se nanaša na večjo od obeh podenot ribosoma. Ribocim deluje kot encim, od tod tudi njegovo ime. Služi kot katalizator pri sestavljanju beljakovin.
Razvrščanje Ribosomov po vrednosti Svedberg
Vrednosti Svedberga (S) opisujejo hitrost usedanja v centrifugi. Znanstveniki pogosto opisujejo ribosomske enote z uporabo Svedbergovih vrednosti. Na primer, prokarioti imajo 70S ribosomov, ki so sestavljeni iz ene enote s 50S in ene od 30S.
Te se ne seštevajo, ker ima hitrost sedimentacije veliko večjo velikost in obliko kot molekulska teža. Evkariontske celice na drugi strani vsebujejo 80S ribosome.
Pomen strukture Ribosoma
Ribosomi so bistvenega pomena za vse življenje, saj tvorijo beljakovine, ki zagotavljajo življenje in njegove gradnike. Nekatere bistvene beljakovine za človeško življenje med drugim vključujejo hemoglobin v rdečih krvnih celicah, inzulin in protitelesa.
Ko so raziskovalci razkrili strukturo ribosomov, je odprla nove možnosti za raziskovanje. Eden takšnih možnosti raziskovanja je za nova zdravila z antibiotiki. Nova zdravila lahko na primer ustavijo bolezen, če ciljajo na nekatere strukturne sestavine ribosomov bakterij.
Zahvaljujoč strukturi ribosomov, ki so jih odkrili Yonath, Steitz in Ramakrishnan, raziskovalci zdaj vedo natančne lokacije med aminokislinami in lokacije, kjer beljakovine puščajo ribosome. Že odkritje lokacije, kjer se antibiotiki vežejo na ribosome, odpira veliko večjo natančnost pri delovanju zdravil.
To je ključnega pomena v obdobju, ko so se prej zaležni antibiotiki srečali z antibiotično odpornimi sevi bakterij. Odkritje strukture ribosomov je zato za medicino velikega pomena.