Vsebina
- TL; DR (Predolgo; Nisem prebral)
- Kaj je elektroforeza?
- Nezadovoljiva priprava gela
- Preveč vzorca
- Vzorec slabe kakovosti
Ste se že kdaj vprašali, kako znanstveniki preučujejo drobne drobce, kot je vaša DNK? Ena izmed metod je gel elektroforeza. Medtem ko elektroforeza ponavadi daje jasne in enostavno berljive pasove, ki so popolni za znanstveno razlago, rezultati razmazanih podatkov včasih zasenčijo podatke.
TL; DR (Predolgo; Nisem prebral)
Gel elektroforeza omogoča znanstvenikom vizualizacijo prebavljenih vzorcev in merjenje velikosti drobcev. Razmazovanje je posledica nepravilno pripravljenih agaroznih gelov, nalaganje nerazredčenega vzorca v jamice ali uporaba vzorcev slabe kakovosti.
Kaj je elektroforeza?
Gel elektroforeza je način, da znanstveniki vizualizirajo prebavljene vzorce majhnih molekul, kot je DNK, in ocenijo velikost teh fragmentov. Za izvajanje elektroforeze znanstveniki pripravijo gel tako, da agarozo suspendirajo v vreli vodi. Tako dobljena polimerizacija ustvari križno prekrivne polimere sladkorja, tako da je gel na kemični ravni nekoliko podoben pajkovi mreži.
Znanstveniki uporabljajo rezalni instrument za oblikovanje vdolbinic v gelu, tako da lahko v jamice naložijo zelo majhne količine prebavljenih vzorcev. Vklop stroja povzroči, da skozi gel potuje električna energija in drobci v vzorcih začnejo potovati iz vrtin na drugo stran gela. Ker je gel podoben spletu, manjši fragmenti potujejo skozi matrico, medtem ko večji fragmenti trajajo dlje, da se povzpnete skozi matrico. Ko konča, gel vsebuje temne trakove, ki predstavljajo, kako daleč so prevozili različne drobce. Znanstveniki merijo te pasove in uporabijo logaritmični izračun, da določijo velikost vsakega fragmenta glede na to, kako daleč je migriral.
Znanstveniki upajo na jasne pasove, včasih pa se pasovi razmažejo. To razmazovanje je običajno posledica slabo pripravljenih gelov, nalaganja nerazredčenih vzorcev v vdolbinice ali slabe kakovosti.
Nezadovoljiva priprava gela
Ko gre za razmazane rezultate, je eden najverjetnejših krivcev slabo pripravljen gel. Zadovoljiv gel polimerizira enakomerno, tako da ustvari enakomerno matrico v celotnem gelu v litju. Če del gela - ponavadi spodnja polovica - nastavi, preden znanstvenik dokonča nalivanje celotnega pladnja, bo nastali gel neenakomeren in prinesel razmazane rezultate.
Preveč vzorca
Pred nalaganjem vzorcev v vdolbinice je treba te vzorce dovolj razredčiti, da lahko tečejo skozi gel, ne da bi se vdolbinice prelile. Če je naložen vzorec preveč koncentriran, ker ga je znanstvenik pozabil razredčiti ali je uporabil nepravilen faktor redčenja, bodo drobci preveliki za vdolbinice in bodo povzročili razmazovanje.
Vzorec slabe kakovosti
Tudi razmazovanje je posledica slabe kakovosti vzorca. Na primer, vzorec DNK, onesnažen z beljakovinami ali vsebuje preveč soli, lahko povzroči razmazovanje. Degradirani ali denaturirani vzorci dajejo tudi slabe rezultate, vključno z razmazanimi pasovi.
Gel elektroforeza je za znanstvenike neverjeten način vizualizacije prebavljenih vzorcev in določitve velikosti fragmentov. Skrbna priprava gela in vzorca zmanjšuje možnost razmaza in daje jasne trakove, idealne za znanstveno razlago.