Vsebina
- TL; DR (Predolgo; Nisem prebral)
- Bufer in sol
- Detergenti za raztapljanje
- Kelatna sredstva in inhibitorji
- Alkalna liza
Lyse je beseda, ki prihaja iz grščine in pomeni samo "razcepiti" ali "razbiti". Izrazi se nanašajo na to, kaj se dogaja s celicami v pufru za lizo, rešitev, ki jih odpre, da izvlečejo njihovo vsebino. Znanstveniki uporabljajo lizijske pufre pri črpanju DNK ali beljakovin iz celic za analizo, zlasti v primeru bakterij. Vrsta pufra za liziranje celic se razlikuje glede na vrsto poskusa, čeprav so naslednje nekaj skupnih možnosti.
TL; DR (Predolgo; Nisem prebral)
Lizinski medpomnilniki pomagajo razbiti odprte celice, tako da je dostop do njih ali odstranitev njihove vsebine. Nekaj primerov vključuje soli, detergente, kelatne snovi in inhibitorje ter nekatere alkalne kemikalije.
Bufer in sol
Puferi stabilizirajo pH, medtem ko se celice cepijo. Tris-HCL je ena najpogostejših kemikalij za puferiranje pri pH 8. HEPES je še ena pogosta kemijska pufer v teh poskusih. Natrijeva kloridna sol lahko tudi poveča ionsko trdnost, skupno koncentracijo topljencev zunaj celic. Ta zadnja točka ima nekaj pomena, saj lahko voda razprši po celičnih membranah od regij z nizko koncentracijo topil do območij z visoko koncentracijo topnega topila.
Detergenti za raztapljanje
Detergenti raztopijo celične membrane, tako da lahko vsebina celic uhaja. Imajo in amfipatično molekularno strukturo (tj. Molekule z enim koncem, ki hitro sodelujejo z molekulami vode, medtem ko se drugi hidrofobni ali "vodeni boji" konca ne). Maščobe lahko raztopijo tako, da tvorijo micele, majhne grozde, kjer hidrofobni repi molekul detergenta kažejo navznoter proti molekulam maščobe. Običajni detergenti vključujejo natrijev dodecil sulfat ali SDS, NP-40 in tritonX.
Kelatna sredstva in inhibitorji
Lizijski puferi običajno vključujejo tudi kelatna sredstva, kot so etilendiaminetetraocetna kislina (EDTA) ali tetraocetna kislina etilen glikol (EGTA). Te kemikalije se vežejo na kovinske ione z dvema pozitivnima nabojema (npr. Magnezij in kalcij), zaradi česar so na voljo za druge reakcije. Številne DNK (beljakovine, ki žvečijo DNK) in proteaze (proteini, ki sesekajo druge beljakovine) potrebujejo magnezijeve ione, da delujejo, tako da jim odvzamejo to ključno sestavino, EDTA in EGTA pomagata zmanjšati raven aktivnosti proteaze ali DNAze. Vendar tega popolnoma ne izključujejo, nekatere proteaze pa niso odvisne od magnezijevih kofaktorjev, zato lizijski puferi včasih vključujejo tudi kemikalije, imenovane inhibitorje proteaz, ki se vežejo na proteaze in jim preprečijo pravilno delovanje.
Alkalna liza
Alkalna liza, zelo pogosta tehnika čiščenja plazmidov iz bakterij, vključuje tri rešitve. Prva vsebuje glukozo, tris-HCL pufer, EDTA in RNAzo. Glukoza ustvarja visoko koncentracijo topljene snovi izven bakterij, tako da postanejo malo mlahavi, kar omogoča lažje liziranje. EDTA in tris-HCL delujeta, kot je že opisano, medtem ko bo RNAza prežvečila katero koli RNA v celici, da jo umakne. Druga raztopina dejansko lizira celice. Ta vsebuje detergent SDS in NaOH, ki dvigne pH na 12 ali več, denaturira beljakovine v celici in povzroči, da se DNK loči v posamezne niti. Tretja raztopina vsebuje kalijev acetat, da se pH povrne na bolj nevtralno raven, tako da se lahko vrvi plazmidne DNA ponovno združijo. Medtem se denaturirani proteini strdijo in oborijo, dodecil-sulfatni ioni pa skupaj s kalijevimi ioni tvorijo netopno spojino, ki se tudi obori iz raztopine.