Vsebina
Western blotting je eden najpogostejših postopkov v biokemijskih laboratorijih. V bistvu loči beljakovine od vzorca po velikosti, nato pa testira s protitelesi, da ugotovi, ali je določen protein prisoten. Uporabna je ne le v raziskavah, ampak tudi v medicinskih ali diagnostičnih laboratorijih; Na primer, testi za HIV in lajmsko bolezen vključujejo preskus imunostorbentnega testa (ELISA), ki mu sledi encim, ki mu sledi Western blot, če je test ELISA pozitiven. Kljub svoji priljubljenosti pa ima Western bloting več pomanjkljivosti.
Nekvalitativno
Klasični zahodni plesi so nepomembni. Z drugimi besedami, čeprav lahko raziskovalcem povedo, ali je določen protein prisoten, ne omogočajo količinskega določanja, koliko beljakovin je prisotnih. Nekatera biotehniška podjetja zdaj prodajajo komplete, ki raziskovalcem ali laboratorijskim tehnikom omogočajo, da količinsko opredelijo količino beljakovin, uporabljenih po standardni krivulji - vendar to deluje le, če so na voljo čisti vzorci iste beljakovine. Poleg tega lahko molekulsko maso proteina ocenimo samo z Western blottingom, ne pa da ga določimo natančno kot z masno spektrometrijo.
Protitelesa
Western blot je mogoče izvesti le, če so na voljo primarna protitelesa proti proteinu, ki vas zanima. Čeprav so protitelesa za številne različne beljakovine na voljo pri biotehnoloških podjetjih, niso poceni; če primarna protitelesa za določen protein niso na voljo, ne bo mogoče izvesti Western blota, ki išče ravno to beljakovino. Razen tega bodo raziskovalci morda želeli ugotoviti, ali je bil protein na nek način spremenjen - če je bil na primer fosforiliran (če je bila nanj pritrjena fosfatna skupina) - in s tehniko Western blot potrebujejo protitelesa, specifična za spremenjene beljakovine.
Usposabljanje
Ustrezno izvajanje zahodnega plesa in doseganje dobrih rezultatov je lahko izziv, zato mora biti osebje dobro usposobljeno.Pri tem kot v marsičem drugem je izkušnja morda najboljši učitelj; tudi za izkušenega tehnika je zahodno pero zamudno. Na primer, na delu gela z elektroforezo po navadi traja od ene do dve uri. Seveda lahko med izvajanjem gela opravljate tudi druge naloge, vendar poskus še vedno traja kar nekaj časa.
Druge omejitve
Protitelesa lahko včasih pokažejo nekaj zunaj tarče vezave, kar lahko povzroči slabše rezultate. Poleg tega z Western blottingom uporabljate protitelo proti določenemu proteinu, zato vam bodo rezultati povedali le, če je bil ta protein prisoten. Masna spektrometrija z visoko ločljivostjo nasprotno razkriva vse beljakovine v vzorcu, za razliko od klasičnega Western blot-a pa je količinska. Seveda se je treba spomniti, da je masna spektrometrija veliko dražja in tudi tehnično zahtevnejša za uporabo v primerjavi z Western blottingom.