Vsebina
DNK
Deoksiribonukleinska kislina in beljakovine. DNK je organiziran v enote, imenovane geni, od katerih vsak kodira določeno RNA ali proteinsko zaporedje. Gene preučujemo, da spoznamo biološko zgradbo in delovanje, evolucijo, bolezni in številne druge vidike živih sistemov. Za podrobno proučevanje genov je treba DNA izolirati in očistiti iz celic, ki vas zanimajo.
Ekstrakcija DNK
Čeprav lahko DNK iz ene same celice odvzamemo in preučimo, ni dovolj, da bi jo videli s prostim očesom. Če želite dobiti količino, ki je dovolj za spajanje, več celic morate delati z boljšimi (veliko milijonov).
Natančni protokoli se bistveno razlikujejo, da bi se upoštevale edinstvene značilnosti določenih vzorcev, splošni koraki pa so homogenizacija, liza, prebava, odvajanje in zbiranje. Postopek je najbolje izvesti v majhni (odvisno od velikosti vzorca) steklene ali plastične cevi.
Vzorec se običajno meša ali zdrobi, da se celice temeljito ločijo. Tako so celične sestavine bolj dostopne reagentom, ki sledijo. Nato homogenatu dodamo detergent ali encime za liziranje celičnih membran (in jedrske membrane, če so celice evkariontske), da se sprosti DNK. Na tej točki je DNK obkrožen z beljakovinami, lipidi, ogljikovimi hidrati - vse ostalo, kar je bilo v celicah.
Za razgradnjo beljakovin bo morda potrebna nadaljnja encimska prebava, da se ne vežejo na DNK in ne motijo njegovega zbiranja. DNK ločimo od preostale vsebine celice z dodajanjem hladnega, čistega, etilnega ali izopropilnega alkohola. DNK v teh alkoholih ni topen, zato se bo kondenziral in skušal zmanjšati njegov stik z alkoholom. Kondenzirano DNK nato zbiramo, običajno s centrifugiranjem --- ali spiralom.
DNK navijanje
Zbiranje DNK s spiranjem je učinkovito, kadar se pridobi večja količina DNK s postopkom ekstrakcije. Prav tako je odlična demonstracijska metoda, saj je jasno vidna impresivna zapletenost čiste DNK.
Za uničenje DNK je treba postopek ločevanja izvesti previdno. Če del predhodno dodane zmesi reagenta za liziranje ni treba dodati raztopini pred dodatkom alkohola koncentrirani raztopini soli (natrijev klorid). Hladen alkohol počasi vlijemo ob stran epruvete, da na vrhu vodne raztopine tvorimo plast, pri čemer se izognemo mešanju. Če se pravilno opravi, bo alkohol na vrhu slane plasti tvoril svojo plast. Potem pride kolut.
Za zbiranje DNK iz slane plasti previdno postavite stekleno mešalno palico, čeprav sloj alkohola, dokler se ne dotakne dna epruvete. Palico počasi zavrtemo med prsti, medtem ko opazujemo vmesnik med obema slojema. Če je na voljo dovolj DNK, se bo na meji med plastmi stisnil skupaj, da bo nastala mlečno prosojna masa. Zavrtite palico, da okoli nje ovijete DNK (to je tuljavni del) in ga potegnete iz cevi. DNK lahko prenesemo v drugo cev čistega alkohola za shranjevanje ali nadaljnjo analizo.