Vsebina
Gelna elektroforeza je metoda, ki se uporablja v laboratorijih za merjenje in razvrščanje pramenov DNK. Potreben je, ker je DNK v normalnih pogojih premajhen za manipulacijo, tudi če ga gledamo z večino mikroskopov. Laboratorij za elektroforezo z geli uporablja relativno enostaven postopek, za ločevanje posameznih beljakovin pa lahko uporabimo isto osnovno tehniko.
Matrica gela
Če želite začeti postopek elektroforeze gela, morate najprej ustvariti gel. Običajno so geli izdelani v tankih listih s pomočjo snovi, imenovane agaroza. Agaroza v prahu se postavi v bučko, sledi raztopina slane vode, imenovana pufer. To mešanico agaroze in pufra segrevamo, dokler se obe snovi ne stopita skupaj, nato pa prelijemo v oblikovalni kalup. Naprava, ki se imenuje glavnik, se nato postavi na en konec kalupa, preden se gel ohladi. Ko se gel ohladi, se glavnik odstrani, pri čemer ostanejo majhne reže, ki bodo uporabljene za zadrževanje vzorcev DNK.
Posebnost ohlajene mešanice agaroze (imenovane matriks gela) izhaja iz dejstva, da je ustvarjena s slano vodo. Ko se elektrificira, bo matrica postala prevodna, kar bo omogočilo, da elektrika teče po njeni dolžini. Druga posebnost gel matrice je prisotnost navadnih, mikroskopskih lukenj. Te luknje bodo omogočale, da se verige DNK gibljejo skozi matrico gela in olajšajo postopek sortiranja.
Zbornica za elektroforezo
Vaš naslednji korak je ustvarjanje komore za elektroforezo. To je majhna pravokotna škatla, ožičena s pozitivno in negativno električno povezavo na obeh koncih. Komore so običajno plitke, dovolj majhne, da se lahko namestijo na mizo, zgrajene pa so iz prozornih materialov, kot je pleksi steklo.
Raztopina slane vode se vlije na dno komore za elektroforezo, gel matrica pa se znotraj te raztopine nekoliko potopi. Slana voda ima dva namena: pomaga pretok elektrike in ohranja vlažnost gel matrice. Ker se DNK poganja z negativnim nabojem, postavite matrico, tako da bodo vaši vzorci nameščeni poleg vaše negativne električne povezave.
Priprava DNK
Nato se pripravijo vzorci DNK. Ker je DNK v raztopini skorajda nemogoče videti, je vsakemu posameznemu vzorcu dodano barvilo, ki se imenuje nakladalni pufer. To sredstvo tudi zgosti raztopino DNK, zaradi česar je manj izpuščena in bolj uporabna. S pipeto prenesite vzorec raztopine DNK v vsako izmenično režo v gel matriki. V prazno režo med vsakim vzorcem postavite nekaj raztopine DNK, katere dolžine že poznate (imenovane DNK standard) za nadzor in primerjavo eksperimentov.
Vklopite napajanje
Zdaj vklopite svojo komoro za elektroforezo. Pod negativno močjo bodo vaši vzorci DNK prisiljeni po celotni dolžini komore. Majhni prameni DNK se bodo hitreje premikali skozi gel matrico in se v kratkem času ločili od daljših, počasnejših niti. Barvilo v barvilu vam omogoča sledenje DNK. Posameznih verig DNK ne boste mogli videti, vendar se bodo prameni enake dolžine združili.
Končni koraki
Ko je DNK razvrščen, se matrica odstrani iz komore za elektroforezo. DNK nato obarvamo, da omogočimo lažje merjenje in pregled.