Vsebina
V 19. stoletju je bila taksonomija - klasifikacija živih organizmov - v biologiji ves bes. Tako ljubiteljski kot profesionalni naravoslovci so bili tako ujeti v noro nabiranja in identificiranja bitij, redki hrošči so bili vroče blago. Takrat je bilo malo znano o mikroorganizmih in njihovem mestu v svetu živih bitij, klasifikacija mikrobiologije pa ni bila deležna toliko pozornosti. V zadnjih desetletjih se je znanje o mikrobih in metodah identifikacije mikroorganizmov dramatično povečalo, del tega povečanja pa je pokazal z učinkovito razvrstitvijo mikroorganizmov.
Sestavni deli taksonomije
Taksonomija ima tri sestavne dele: nomenklaturo, klasifikacijo in identifikacijo. Nomenklatura preprosto dodeli ime vrsti. Razvrstitev združuje vrste po skupnih značilnostih - nekatere so fizične, nekatere pa biokemične. Za identifikacijo se uporabljajo značilnosti organizma za določitev, kam spada v klasifikacijsko shemo. Sodobna taksonomska shema ima največjo, najbolj vključujočo skupino, področja. Najmanjša skupina je vrsta. Od najbolj vključujoče do najbolj specifične ravni tečejo tako: domena, kraljestvo, vrsta, razred, vrstni red, družina, rod in vrste. Vi ste na primer Eukarya Animalia Chordata Mammalia primat Hominidae Homo sapiens.
Mikroorganizmi in domene
Mikroorganizmi so izjemno raznoliki. Niso jih določile nobene posebne strukture ali funkcije, temveč preprosto njihova velikost. Mikroorganizmi so tako potapljači, da sodijo v vse tri različne klasifikacije najvišje ravni - vse tri domene. Ena domena je bakterija, druga je arheja, končna pa evkarja. Vsi člani domen bakterij in arhej so enocelični mikroorganizmi. Obe celici sta brez membran, ki ločujejo svoj genetski material od preostalih celic - membrane, ki definirajo jedro. Torej so vsa kraljestva, phyla, razredi, redovi, družine, rodovi in vrste v domenah bakterij in arhej mikroorganizmi.
Enocelični protestniki
Evkarije so organizmi, katerih celice vsebujejo jedro. Številni evkariontski organizmi so enocelični mikroorganizmi, vendar mnogi drugi - na primer drevesa rdečega lesa ali vi - niste. Zato so potrebne dodatne klasifikacije. Kraljevino Protista v domeni Eukarya sestavljajo samo enocelični mikroorganizmi. Protisti so ločeni v tri različne skupine phyla: štiri različne phyla iz alg, štiri različne protozoe phyla in dve različni plesni phyla. Toda vsi organizmi znotraj teh phyla - vsi v kraljestvu Protista - so mikroorganizmi.
Mikroskopske glive
Kraljevina Glive je vsebovana v domeni Eukarya. Nekatere vrste gliv vsebujejo mikroorganizme. Na primer, phyum Zygomycota vsebuje mikroskopske plesni za kruh, phylum Ascomycota pa vsebuje kvasovke in mikrobne škodljivce in parazite. Lišaji so simbiotični sklop glive in fotosintetskega organizma - delno v kraljestvu Fungi in deloma v drugih kraljestvih ali celo na drugih področjih.