Vsebina
- Etilendiamintetraacetat za čiščenje DNK
- Magneisov klorid za pospeševanje DNA
- Etidijev bromid za obarvanje DNA
Analiza DNK vključuje različne vrste molekularnih eksperimentov in bioloških postopkov. DNK je krhka in zapletena surovina, zato je za ravnanje z njo in njihovo analizo potrebna najboljša kakovost in najčistejša priprava kemikalij. Glede na analizo je pri preučevanju DNK vključenih na stotine kemikalij, od kislih in bazičnih raztopin do pufrov in barvil. Razumevanje, zakaj se nekatere kemikalije uporabljajo, je ključno za uspešne poskuse in doseganje natančnih, zanesljivih in ponovljivih rezultatov.
Etilendiamintetraacetat za čiščenje DNK
Za znanstveno delo so očiščene tri vrste DNK: DNK iz genoma (genomska DNK), celotna DNK iz celice (celotna DNK) ali iz plazmidov, ki se lahko samo razmnožujejo. Skupno čiščenje celične DNA uporablja kemikalije, ki omogočajo uničenje celic mnogih membran med lizo celic. Kemični etilendiaminetetraacetat (EDTA) se pogosto uporablja za odvzem magnezijevih ionov, ki so potrebni za vzdrževanje togosti celičnih sten, zaradi česar se ti oslabijo do te mere, da se zrušijo ali raztrgajo, pri čemer se celice in DNK sprostijo v analizo. Poleg tega EDTA ščiti in ohranja celovitost DNK tako, da zavira encime, ki so običajno prisotni v celici, ki lahko drobijo DNK in ga naredijo neuporabnega.
Magneisov klorid za pospeševanje DNA
Verižna reakcija polimeraze (PCR) je sofisticirana metoda analize, ki se uporablja za pomnoževanje več tisoč kopij molekule DNK, vendar je polna tehničnih težav in nenatančnosti. Mnogi znanstveniki zato rutinsko izvajajo več različnih sklopov PCR, da bi našli najbolj optimalno stanje in parametre za določen zanimiv gen. Ena izmed kemikalij, ki se uporablja za takšno optimizacijo, je magnezij, ki stabilizira encim DNK polimeraza, ki se uporablja v PCR in deluje kot bistveni ko-dejavnik aktivnosti encima. Za PCR se magnezij uporablja v obliki puferja iz magnezijevega klorida.
Etidijev bromid za obarvanje DNA
Etidijev bromid je barvilo, ki se veže na DNK tako, da se zdrsne med nukleotidi, ki tvorijo dvojno vijačnico DNA v postopku, znanem kot interkalacija. To barvilo lahko nato osvetlimo z ultravijolično svetilko, tako da je mogoče vizualizirati DNK, na katerega je bil vezan etidijev bromid. Vendar pa je potreben vsaj 1 nanogram DNK, da se etidijev bromid pravilno vidi, zato je to en način zaznavanja PCR-amplificirane DNK. Čeprav je poceni in se pogosto uporablja, je tudi mutagena kemikalija, za katero je znano, da povzroča raka, zato je njena uporaba v laboratorijih zelo regulirana in mnogi znanstveniki se lotijo uporabe manj strupenih nadomestnih snovi.