Vsebina
Glavne vrste bakterij so bile tradicionalno razvrščene po fizikalnih značilnostih ali reakcijah na različne vrste obarvanja. Pojav molekularne genetike je omogočil natančnejšo delitev različnih skupin bakterij. Mnogi znanstveniki menijo, da je treba staro razvrstitev bakterij razdeliti na dve ali več kraljestev.
Kraljevine
Najvišja razvrstitev živih bitij je kraljestva. Bakterije so bile nekoč uvrščene v eno kraljestvo, znano kot Protista, vendar mnogi znanstveniki trdijo, da je treba staro kraljestvo razdeliti na dve kraljestvi na podlagi molekularno genetskih dokazov. Nova kraljestva bi bile prave bakterije, evbakterije in starodavne bakterije, arhebakterije, ki danes preživijo v ekstremnih okoljih. Nekateri predlagajo novo filogenetsko delitev, znano kot domene ali superknjige, ker so Arhebakterije tako zelo različne, da bi jih lahko razdelili na tri lastna kraljestva: Crenarchaeota, termofilne bakterije; Euryarchaeota, halofilne in metanogene bakterije; in Korarchaeota, ki jih najdemo v vročih izvirih.
Phylums
Za druge bakterije, razen Arhebakterij, obstaja pet ločenih filij, naslednja veja pa je filogenetsko drevo. Proteobakterije so simbiotične z rastlinami in jim pomagajo pritrditi dušik iz atmosfere. Cianobakterije so znane kot modrozelene bakterije. Eubakterije so tradicionalno razvrščene gram-pozitivne bakterije in imajo celične stene, ki imajo drugačne plasti kot druge bakterije. Spirokete rastejo v spiralnih kolonijah. Chlamydiae so znotrajcelični zajedavci.
Tradicionalna klasifikacija
Bakterije lahko opišemo kot patogene (povzročajo bolezni) ali nepatogene. Lahko jih opišemo tudi kot gram-pozitivne ali gram-negativne. To se nanaša na to, ali barvo absorbirajo z Gramom ali ne. Gram pozitivne bakterije nimajo zunanje celične membrane, peptidoglikani pa omogočajo, da jih obarvamo s kristalno vijolično. Gram-negativne bakterije imajo zunanjo celično membrano, vendar nimajo peptidoglikanov, kar preprečuje njihovo obarvanje.