Vsebina
Gelna elektroforeza je tehnika, ki omogoča analizo DNK na ravni njegovih sestavnih molekul. Pri tej metodi za vizualizacijo DNK se vzorci postavijo na agarozni gelni medij, na gel pa se nanese električno polje. Zaradi tega se fragmenti DNK gibljejo skozi gel z različnimi hitrostmi v skladu z njihovimi elektrokemijskimi lastnostmi.
Etidijev bromid
Pri tej tehniki vizualizacije zmešamo etidijev bromid z agaroznim prahom, EDTA pufrom in vodo, da nastane matriks gela pred elektroforezo. Zaradi tega se molekule etidij-bromida enakomerno razpršijo po matrici. Ko so vdolbinice za gele napolnjene z ustreznimi vzorci DNK in sledilnimi barvili, se uporabi napetost za počasi vlečenje velikih, polarnih spojin skozi matrico.
Med tem gibanjem se baze molekul DNK začasno vežejo na delce zahvaljujoč naboju etidijevega bromida in jih vlečejo vzdolž. Do konca elektroforeze z geli se je vsaka molekula DNK pobrala v znatni količini etidijevega bromida.
V prisotnosti ultravijolične svetlobe ima etidijev bromid fluorescenco. Tehniki preko gela svetijo posebej umerjeno UV svetlobo, medtem ko stroj zajema sliko žarečih drobcev.
Metilen modro
Če UV-transilluminator ni na voljo ali je praktičen, lahko tehniki postavijo vidno DNK v normalnih pogojih tako, da končni gel agaroze z elektroforezirano DNK namočijo v raztopini metilen modrega čez noč.
Kloridna sol z znatno hidrofobnim anionom, molekuli metilen modrega prodira skozi celotno matrico gela. Vendar vodikova vez v celotni DNK povzroči, da se molekule madežev kopičijo. Ta povečana gostota obarvanja DNK daje globlji odtenek modre barve, viden s prostim očesom.
Sledenje barvil
Poleg relativne velikosti trakov DNK lahko tehniki izmerijo absolutno velikost (v parih baz) vsakega fragmenta s pomočjo kemikalij, imenovanih sledilne barve. Vidno brez dodatka metilen modrega ali etidijevega bromida, barvila za sledenje, kot sta bromofenolovo modra in ksilen cijanol, se med elektroforezo premikajo po matrikah aragoznega gela z enako hitrostjo kot fragmenti DNK, sestavljeni iz 300 nukleotidov in 4.000 nukleotidov. Pri elektroforezi masivnejši fragmenti DNK potujejo po matriksu gela počasneje kot manjši fragmenti. Torej, medtem ko sledilne barve ne vplivajo neposredno na vidnost fragmentov DNK, primerjava položaja fragmenta DNK v gelu s položajem teh barvil tehnikom omogoča, da "vidijo" približno število nukleotidov, ki jih fragment DNK vsebuje.